Mon petit grain de sel en espérant que ca puisse t'aider, même si Feifeiinjapan et Fura on déjà fournis le plus gros des infos.
Pour les retraits (car il y en aura même si tu emmène du cash, c'est certain. Tokyo fever ;-) ) comme indiqué, il est difficile de retirer dans les atm (distributeurs) autres que ceux des "Post Office" ou des combinis "7 eleven". Personnellement, vu que pour l'instant j'attends mon CoE et dans la foulée le visa, je n'ai pas encore ouvert de compte au Japon, donc je galère effectivement avec les retraits (surtout les frais grrrr). Pour grossomodo ¥ 50000 = 15 de frais...
Si tu viens en Juillet, prévois ton habillement en conséquence, il fait chaud et humide.
Pour le shopping je confirme harajuku mais j'y ajouterais éventuellement le 109 de shibuya (temple de la mode nippone sur 8 étages si je me souviens bien...) mais bon, les magasins de fringues et les restos y en a partout, même dans les petits bleds, donc pas vraiment de soucis, pars à l'aventure.
Concernant les transports, c'est plus qu'efficace et le train ou le métro t'emmène partout y compris en périphérie de Tokyo. Les compagnies sont privées (chaque ligne) et se partagent le gâteau, et en général disposent également de galeries marchandes du même nom dans les stations (ex: Keio store, Odakyu Halc, etc...). Je te conseille dès ton arrivée (à Shinjuku je pense, puisque le airport limousine de Narita te débarquera là, à moins que tu optes pour le taxi ou le train?) d'opter pour une carte Suica ou Pasmo que tu charges avec du liquide de temps en temps et que tu passes simplement sur un scanner aux bornes pour t'ouvrir les barrières : simple, pratique, rapide. A noter : la Yamanote line (train) trace un cercle dans Tokyo et t'emmènera probablement où tu souhaites.
Concernant les sorties, perso je me limite au tourisme hors Tokyo, et sur Tokyo je vadrouille entre karaoke, izakaya (petits restos traditionnels) et kissaten (coffee shop), donc niveau boites etc je peux pas trop te dire, si ce n'est que mes collègues "gaikokujin" sortent sur Roppongi (Hills? ^^) comme disait Feifeiinjapan, ou encore Shibuya. Tiens,à propos de Roppongi, je te conseille 2 petits trucs sympas à voir si tu y vas : cherche la Mori Tower (énorme tour d'aspect ultra moderne, LE skyscraper par excellence, impossible de ne pas la trouver) et tu verras devant l'entrée cette chère "Maman" (je te laisse la surprise de découvrir qui est Maman héhé), et en y entrant, en sous-sol tu découvriras pas mal de galeries marchandes, restos, etc, un vrai gruyère). A noter que Roppongi est un peu plus huppé (et cher...) que shibuya qui est plus populeux et "jeune".
Si tu passes par Shinjuku, vas à Nishi-Shinjuku vers le Tokyo Tocho (tours du gouvernement et mairie de Tokyo) une des tours est ouverte en permanence au public, et l'accès est gratos : en haut, boutiques de souvenir, resto, et.. panorama très sympa sur les alentours, et si le temps est clair, sur le Fuji-san. Sachant que c'est gratuit, ce serait bête de s'en priver non?
Concernant les guides, la plupart du temps nos guides français sont légèrement à côté de la plaque mais bon, j'ai eu en cadeau (super... connais déjà tout grmbl ^^) un guide hachette assez pertinent, avec photos, plans, petites astuces, spots etc... (guide "voir") Donc, si je devais en conseiller un, ben celui-là. Mais bon, si tu vas à l'office du tourisme ici, tu peux remplir une valise de prospectus, cartes, mini-guides etc, et sur papier glaçé de qualité etc svp... sont pas comme en France nos chers nippons, quand ils font les choses, c'est toujours à la japonaise : qualité et service ^^). Tiens, un autre truc : tu n'achèteras jamais de mouchoirs en papier ici, car tous les 100 mètres un ou une jeune t'en filera un paquet avec une pub à l'intérieur
Bon allez j'arrête mon pavé, et j'espère que ca t'auras un peu aidé (et rassurée? ).
sorosoro shitsurei shimasu